Khi hổ Mã Lai được công nhận như một phân loài trong gia đình nhà hổ thì tin tức này đã được đón chào nồng nhiệt tại Malaysia. Tuy nhiên, sau đó đã diễn ra tranh cãi về việc đặt tên khoa học cho nó. Các nhà nghiên cứu đề nghị tên gọi Panthera tigris jacksoni để ghi nhận công trình của Peter Jackson về các loài thú dạng mèo lớn.

Tuy nhiên, Hiệp hội Vườn thú và Bể cảnh Malaysia (MAZPA) cũng như chính quyền Malaysia đã phản đối điều này và cho rằng người ta cần phải tham khảo ý kiến của Malaysia về việc đặt tên cho biểu tượng quốc gia của họ.[2] Malaysia cho rằng việc đặt tên phải phản ánh khu vực địa lý có phân loài hổ này là Malaysia. Vì thế, tại Malaysia, hổ Mã Lai được định danh khoa học là Panthera tigris malayensis. Vườn thú San Diego cũng sử dụng tên gọi khoa học này.[3]